有機肥可以提高土壤孔隙度、通透性和植物存活率，增加有益菌、土壤微生物和種群。同時，作物根系形成的優勢有益菌群可以抑制有害病原菌的繁殖，增強作物的抗逆性和抗病能力，降低重茬作物的病情指數。連續幾年的應用可以大大緩解連作障礙。減少環境污染是一種環保肥料，對人、動物、環境安全無毒。

有機肥料主要來源于植物和/或動物，應用于土壤中提供植物營養的含碳物質。它是由生物、動植物廢物和植物殘渣加工而成，富含有毒有害物質，包括許多有機酸、肽和豐富的營養元素，包括氮、磷和鉀。 當前耕地退化面積已占總耕地面積的40%以上。提高糧食產量的兩個關鍵因素是土壤肥力和土壤利用效率。

生物有機肥的應用更加靈活。生物有機肥中氮、磷、鉀含量相對較低，一般在5%左右，養分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有機肥可以作為基肥.種肥.追肥施用不會產生任何不利后果。 因此，雖然生物有機肥是一種新型的有機肥，但其應用與傳統的有機肥施用差別不大。只要我們注意到這些點，就會有一定的應用效果。