牛糞必須經過發酵分解后才能用于農作物，否則牛糞中的某些病原微生物會灼傷農作物的根部。晾曬都可以，但曬干后，牛糞的部分營養會流失。牛糞經烘干機烘干，可達到烘干、除臭的目的。它還可以減輕手工勞動強度等。

牛糞可分為干牛糞和新鮮牛糞。 1、干牛糞：由于干牛糞中水分不足，不能發酵。加入足夠的水后，一定要堆成一大堆，然后發酵。蓋上密封塑料布，這樣發酵會快一些。 2、新鮮牛糞：如果是新鮮牛糞，發酵時需要加入各種輔料，吸收新鮮牛糞中的水分。水太多容易造成不透氣，微生物無法產生發酵作用。有多種選擇，目的是吸收新鮮牛糞中的部分水分。輔料一般選用：木屑、稻草、草灰炭等。牛糞也可適當曬干，去除多余的水分。然后堆起來。進行堆積發酵。當堆溫達到60℃以上時，保持24小時，然后上下翻堆，翻堆，繼續發酵。如此進行3次，即可達到發酵的目的。

牛糞自然發酵可采用以下方法: 1.晾干水分后，讓其自然堆積，堆積溫度達到60以上時保持24小時，然后上下翻轉，里里外外，繼續發酵。這個過程進行三次，達到發酵的目的。但是，這樣難聞的氣味不僅污染環境，還會造成營養物質的大量流失。 2.用微生物發酵法處理牛糞，不僅可以加快發酵進程，縮短發酵時間，防止浪費，提高牛糞的營養價值；而且牛糞可以在發酵溫度下干燥，節省能耗，成本低，操作簡單，易于推廣，因此受到用戶的歡迎。