較初發酵的中層糞液通過糞管流向第二格，第二格經發酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格經沉淀、過濾后流向下水道。正是這種分割發酵的原理使得清理化糞池變得危險。池內沼氣易燃易爆，操作前應充分散發，周圍不得有明火。吸糞時避免弄臟工作場地和路人的衣服。蓋子打開后，要有人看管，蓋子要清理干凈，防止行人掉入。正式清理化糞池。勾開化糞池蓋板15分鐘，將吸糞車開到作業現場，將吸糞管放入化糞池內，然后用鏟子攪拌化糞池內的糞便結塊層，邊攪拌邊排水，啟動吸糞車開關，將糞便吸出，直至將化糞池內的硬塊吸走，蓋好化糞池蓋板，用清水沖洗作業現場。但是也不排除一些特殊的困難情況，需要人工清理，所以清理化糞池的每一個工作者都是非常困難和偉大的。

將吸糞車開到施工現場，將吸糞軟管(5米長，3根備用)放入化糞池中。啟動吸糞車開關，將糞便吸出，直至化糞池內的糞塊被吸出，以免弄臟工地和路人的衣服。化糞池蓋子打開后，工人不能離開現場。清理完畢后，隨手蓋上蓋子，防止行人掉入井內造成事故。化糞池蓋打開后，通風10 ~ 15分鐘。如果人們不袖手旁觀游泳池，禁止在游泳池點火，吸煙或接手機，以防止甲烷著火或爆炸傷人。請勿在泳池內工作，以防人員中毒或落水。如果必須下池，必須佩戴防毒面具和防化服，并采取相關防護措施。在正式清掏化糞池之前，首先要在化糞池周圍做好安全標志，防止路人不小心掉入池中。

在分解糞便的過程中，有一定的除臭作用。大大減少了勞動力，節約了成本，是一種天然環保的高科技方法。化糞池處理的時候肯定是要有工作人員來清的，很危險，處理起來也不容易。即使現在有大規模的治療機，但還是有一些弊端。比如有的化糞池安裝在狹窄的過道里，機械設備根本進不去，用不了。專業人士認為，與其使用傳統的清潔技術，不如嘗試現代高科技技術。生物肥劑可以分解糞便，液化有機物，有一定的除異味作用。使用效果很好，可以幫助用戶徹底解決清理化糞池的問題。如果有高科技的技術，解決問題更簡單方便，那么就可以替代傳統的清潔方式。