步進運行和低頻振蕩，當輸入脈沖頻率很低時，脈沖周期如大于步進電動機的過渡過程時間，步進電機就會處于一步一停的運行狀態，這種運行狀態稱為步進運行，避免低頻振蕩的現象發生采用的方法：，一種是使運行頻率避開固有頻率，二是前一方法不允許時，可通過調節步進電動機上的阻尼器來改變固有頻率，在垂直運行機構中，存在機構斷電而驅動器失去鎖力的情況，所以必須考慮使用剎車步進電機，以免機構因失去驅動器鎖力而直接下墜造成損壞。

步進電動機的控制也可能有助于保護較大的電動機出現過載或過流情況，這可以通過過載繼電器保護或溫度感應繼電器來完成，保險絲和斷路器還可用于防止過電流，自動電動機驅動器隨附限位開關以保護機器，一些復雜的電動機控制器用于控制連接的速度和轉矩電動機，為了充分發揮電機的快速性能，通常使電機在低于啟動頻率下啟動，然后逐步增加脈沖頻率直到所希望的速度，所選擇的變化速率要保證電機不發生失步，并盡量縮短啟動加速時間。

短路故障修理，經檢查確定轉子繞組是有短路存在，則可以將這部分的繞組從整個繞組分離出來，將有故障的線圈接換向器的兩個頭斷開并用一根導線將兩片換向器片聯起來，以代替原來的線圈，同時要將短路的線圈剪成開路，跳接法修理短路線圈時，也有可能損壞周圍的其他線圈，所以操作時要注意周圍線圈，在非超載的情況下，電機的轉速、停止的位置只取決于脈沖信號的頻率和脈沖數，而不受負載變化的影響，即給電機加一個脈沖信號，電機則轉過一個步距角。