步進電動機的控制也可能有助于保護較大的電動機出現過載或過流情況，這可以通過過載繼電器保護或溫度感應繼電器來完成，保險絲和斷路器還可用于防止過電流，自動電動機驅動器隨附限位開關以保護機器，一些復雜的電動機控制器用于控制連接的速度和轉矩電動機，為了充分發揮電機的快速性能，通常使電機在低于啟動頻率下啟動，然后逐步增加脈沖頻率直到所希望的速度，所選擇的變化速率要保證電機不發生失步，并盡量縮短啟動加速時間。

電樞繞組通地通常是在電樞的槽口部分，或者繞組的端部，這時如果能排除故障，則將通地部位修復，如果是在槽的內部，無法排除故障的話，則只有這一部分的繞組甩掉，即所稱的“跳接法”，將通地的繞組兩個引線頭斷開，并用一根線將兩個換向片連接，以代替線圈，使繞組仍然成為閉合回路，步進電機區別于其他控制用途電機的較大特點是，它可接受數字控制信號(電脈沖信號)并轉化成與之相對應的角位移或直線位移，因而本身就是一個完成數字模擬轉化的執行元件。

短路故障修理，經檢查確定轉子繞組是有短路存在，則可以將這部分的繞組從整個繞組分離出來，將有故障的線圈接換向器的兩個頭斷開并用一根導線將兩片換向器片聯起來，以代替原來的線圈，同時要將短路的線圈剪成開路，跳接法修理短路線圈時，也有可能損壞周圍的其他線圈，所以操作時要注意周圍線圈，在非超載的情況下，電機的轉速、停止的位置只取決于脈沖信號的頻率和脈沖數，而不受負載變化的影響，即給電機加一個脈沖信號，電機則轉過一個步距角。