在透射電鏡中，用電子束代替平行入射光束，用薄膜狀的樣品代替周期性結構物體，就可重復以上衍射成像過程，（2）對于透射電鏡，改變中間鏡的電流，使中間鏡的物平面從一次像平面移向物鏡的后焦面，可得到衍射譜，固定的目的主要是終止組織細胞的生化過程，同時把它們的超微結構改變控制在zui小范圍內，并保護這些結構在后續的脫水、包埋等過程中不被破壞；常用雙固定法，用一定濃度的戊二醛對樣品預固定，漂洗后使用鋨酸對樣品進行后固定。

2切片厚度50～100nm為宜：太薄反差低；太厚反差好，但結構重疊，電子束不能穿透；，3切片應耐電子束的強烈照射，不變形不升華；，4切片能夠適當被染色，保證一定的反差；，5切片均勻，無影響拍照的皺褶、刀痕或染色污染，其中，DigitalMicrograph不僅能夠自動識別Gatan公司電鏡拍攝的dm3、dm4、Tif文件中的標尺、放大倍數、儀器型號等信息，還能夠對圖片中進行上偽色突出對比度、選區傅里葉變換、劃線取向灰度分析等。

染色方法有單染，包括鉛鹽單染和鈾鹽單染；雙染色，醋酸鈾染色和檸檬酸鉛染色，雙染色呈現結果更全面，我們一般采用的雙染法進行染色，常用染色劑：醋酸鈾，有微弱的放射性，主要染核酸、核蛋白、細胞核、結締組織，檸檬酸鉛，主要染膜結構、脂類、糖原等，易與CO2反應成沉淀，染色中應采取措施避免，電鏡照片主要解析粒徑分布、單晶/多晶、晶面結構、元素和原子分散，其本質是信號的空間分布，基本機理與比例尺地圖是一致的。