本文將以一些簡單的例子來介紹基于Gaussian軟件進(jìn)行模擬的操作流程,并對其中涉及到的輸入、輸出文件內(nèi)容的關(guān)鍵信息進(jìn)行介紹,軟件安裝,利用Gaussian軟件進(jìn)行量化模擬,一般會需要安裝3個軟件,即:Gaussian09,GaussView和Multiwfn三個軟件,若是打算利用服務(wù)器或超算中心(Linux系統(tǒng))進(jìn)行計算,建議在自己的本地電腦上安裝GaussView和Multiwfn,在服務(wù)器上安裝Gaussian主程序即可。
Multiwfn(http://sobereva,com/multiwfn/)則是sob老師開發(fā)的,功能極為強大的波函數(shù)分析軟件,該軟件可以極為方便的從計算輸出文件中提取出我們所關(guān)注的信息,極大簡化數(shù)據(jù)分析的難度,上述三個軟件的安裝在Windows系統(tǒng)還是Linux系統(tǒng)下均不困難,按照軟件安裝教程的步驟即可順利安裝,請注意在所有安裝路徑中不要出現(xiàn)中文,也建議不要出現(xiàn)空格(可用下劃線“_”代替空格)。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務(wù)的計算資源分配(核數(shù)、內(nèi)存使用情況)、計算方法和精度、任務(wù)要求及計算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計算過程中輸出信息,對于大多數(shù)含有過渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài),如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等,均為開殼層體系,自旋多重度大于1,需做進(jìn)一步判斷。