無論是DFT還是HF方法的模擬，均需選擇合適的基組，此處給出的是較為通用且精度尚可的基組，【前綴】【主詞】【后綴】關于基組的選用，可參考sob老師的文章“http://sobereva，com/336”，“opt”指本次模擬的具體任務為結構優化，這些命令可根據情況連用，例如“optfreq”表示首先進行結構優化，隨后對優化的結構進行振動分析，該值根據實際計算情況修改即可，例如計算一個Cu2+時為2，計算苯分子時為0，計算一個SO42-時為-2。

可載入GaussView中，對計算結果或計算過程中的一些結構變化進行分析，檢查點文件：文件后綴名通常為，chk或，fchk，包括軌道系數、密度矩陣等輸出文件中未涵蓋的重要信息，可載入Multiwfn進行數據分析，讀寫文件：文件后綴名通常為，注：在未特別說明的情況下，本文中涉及到的所有量化模擬實例均是在本地電腦（Windows系統）建模并生成輸入文件，在服務器（Linux系統）中進行計算，在本地電腦進行數據處理和分析。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。