塘底淤泥和魚類的排泄物經硝化作用產生氨，氨在硝化過程中生成中間產物—亞硝酸鹽；淤泥中的硫酸鹽還原菌還原硫酸鹽，以及由異氧菌分解硫化物產生硫化氫。氨、亞硝酸鹽、硫化氫是魚類生存、生長過程中的劇毒物質。能使魚類處于不安定狀態，食欲下降，餌料系數增加，抵抗力減弱；濃度大時，會使魚中毒死亡。

水下清淤時應注意糾偏幅度不宜過大，頻率不宜過高。 水下清淤制作底節沉井圍堰，浮運至墩位處定位，通過水上起重設備起吊，放入水中浮起，并用導向船和纜繩將其在流水中定位，在向空壁中注水壓重下沉并逐層接高壓重，同時吸泥下沉。 水下清淤當圍堰下沉至巖面時，可以將刃腳與巖面空隙填實，再向空壁中注水壓重使其不再懸浮。

河道淤泥處理的化學固化技術因其較低的處置成本低，且處置過程無污染、資源化利用效率高、固化體穩定性好等優點，成為我國大力支持的河道淤泥處置技術。然而，由于河道淤泥含水率和有機質含量均較高，嚴重影響了固化效果和固化體的強度，開發高效綠色的新型固化材料，成為支撐河道淤泥無害化利用的關鍵。